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| Name | Alternativname | Länge (km) | Einzugsgebiet (km²) | Abfluss (m³/s) | Mündung |
|---|---|---|---|---|---|
| Ahja | Aya | 95 | 1'073 | - | Emajõgi |
| Elva | - | 72 | 456 | - | Emajõgi |
| Emajõgi | Embach | 101 | 9'960 | 71 | Peipussee |
| Halliste | Hallist | 86 | 1'900 | - | Navesti |
| Jägala | - | 97 | 1'570 | - | Finnischer Meerbusen |
| Kasari | - | 112 | 3'210 | 26 | Ostsee |
| Keila | - | 107 | 682 | 6.4 | Finnischer Meerbusen |
| Kunda | - | 69 | - | - | Finnischer Meerbusen |
| Mustjõgi | - | 84 | 1'820 | - | Gauja |
| Narva | Narwa | 77 | 56'200 | 415 | Finnischer Meerbusen |
| Navesti | - | 100 | 3'000 | - | Pärnu |
| Õhne | - | 86 | 573 | - | Emajõgi |
| Pärnu | - | 144 | 6'910 | 48 | Bucht von Riga |
| Pededze | Peddetz | 159 | 1'690 | 44 | Aiviekste |
| Pedja | - | 122 | 2'710 | - | Emajõgi |
| Pirita | Brigittenbach | 105 | 799 | 7.5 | Finnischer Meerbusen |
| Piusa | - | 109 | 796 | 5.5 | Peipussee |
| Põltsamaa | - | 135 | 1'310 | - | Pedja |
| Reiu | Reidenhofscher Bach | 73 | 917 | - | Pärnu |
| Sauga | - | 77 | 570 | 5.1 | Pärnu |
| Soodla | - | 75 | 236 | - | Jägala |
| Vääna | - | 64 | 316 | - | Finnischer Meerbusen |
| Väike-Emajõgi | Kleiner Embach | 82 | 1'380 | - | Emajõgi |
| Valgejõgi | - | 85 | 453 | - | Finnischer Meerbusen |
| Velise | - | 75.5 | 852 | - | Kasari |
| Vigala | Fickelscher Bach | 95 | 1'520 | - | Kasari |
| Võhandu | - | 162 | 1'420 | - | Peipussee |
